La version 6.2.0 de EMBOSS permet dorénavant la lecture de formats de fichiers supplémentaires et améliore la compatibilité avec les formats existants. Il y a de nombreuses nouvelles fonctionnalités et certaines requièrent des modifications dans les scripts. Le détail des modifications est disponible depuis l'adresse http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

Macaulay2 inclut la certification de nouveaux paquets approuvés à la publication dans les journaux revus par paires, ainsi qu'un nombre important de nouveaux programmes et de paquets. Certaines fonctionnalités ont été améliorées ou modifiées. Les utilisateurs devraient consulter http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html pour obtenir davantage d'informations sur ces améliorations.

R a été mis à jour vers la version 2.10.2. Celle-ci inclut de nombreuses nouvelles fonctionnalités mais corrige de nombreuses anomalies. Pour plus de détails, consultez https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (descendez jusque la version 2.10 et 2.10.1). De nombreux paquets liés à R ainsi que les modes emacs ont été mis jour.

Fedora 13 contient la version 1.6.1 de ugene. La mise à niveau est fortement recommandée car de nombreuses anomalies ont été corrigées. Si vous préférez compiler le programme plutôt que d'installer le paquet, vous devriez consulter http://ugene.unipro.ru/news.html#160210 pour prendre connaissances des spécificités liées à la mise à jour afin de réussir la mise à niveau. Cela n'est pas nécessaire pour une installation avec yum ou PackageKit.