Programari per a l’anàlisi de dades
Paquets aigües amunt
Les eines següents es troben entre el programari que s’està provant actualment a NeuroFedora i es poden instal·lar directament des de les forges originals (per exemple, PyPi). Podeu veure l’enllaç dels resultats de les proves: aquí.
Paquets de Python
| Programari | Resum | pip (PyPi) | Notes |
|---|---|---|---|
enllaç: bluepyopt |
Biblioteca d’optimització de Python de Blue Brain (bluepyopt). |
|
|
enllaç: dabest |
Anàlisi i visualització de dades mitjançant estimació acoblada a Bootstrap. |
|
|
enllaç: dandi |
Client de línia d’ordres per a la interacció amb instàncies de DANDI. |
|
|
eFEL: electrophysiology feature extraction library. |
|
||
Elephant (Electrophysiology Analysis Toolkit) is an open-source library for the analysis of electrophysiological data in Python. |
|
||
enllaç: hdf5storage |
Utilitats per llegir/escriure tipus Python a/des de fitxers HDF5, inclosos fitxers MAT de MATLAB v7.3. |
|
|
enllaç: intern |
SDK de Python per interactuar amb dades de neurociència a través de l’API de Boss. |
|
|
enllaç: klusta |
Detecció de pics i agrupament automàtic per a la classificació de pics. |
|
Sense manteniment aigües amunt |
enllaç: niaarm |
Un marc minimalista per a la mineria de regles d’associació numèrica. |
|
|
enllaç:https://pypi.org/project/pingouin/[pingouin] |
Pingouin: paquet estadístic per a Python. |
'pingouin' |
|
enllaç: probeinterface |
Paquet de Python per gestionar el disseny, la geometria i el cablejat de la sonda al dispositiu. |
|
|
enllaç: pyabf |
Biblioteca de Python per llegir fitxers en format binari Axon (ABF). |
|
|
enllaç: pybv |
pybv: una utilitat d’E/S lleugera per al format de dades BrainVision. |
|
|
enllaç: pycatch22 |
22 Característiques de sèries temporals còniques. |
|
|
enllaç: pyedflib |
biblioteca per llegir/escriure fitxers EDF+/BDF+. |
|
|
enllaç: pyelectro |
Una biblioteca de Python per a l’anàlisi de dades electrofisiològiques. |
|
|
Package for working with Neurodata stored in the NWB format. |
|
No wheels for py3.14+. https://github.com/NeurodataWithoutBorders/pynwb/issues/2143 |
|
Machine learning for multivariate data with Riemannian geometry. |
|
||
enllaç: pyspi |
Biblioteca per a l’anàlisi per parells de dades de sèries temporals. |
|
|
enllaç: pyunicorn |
Caixa d’eines unificada per a l’anàlisi de xarxes complexes i recurrència. |
|
|
enllaç: pyxdf |
Paquet Python per importar fitxers XDF (Extensible Data Format). |
|
|
Tools for global sensitivity analysis. Contains Sobol', Morris, FAST, DGSM, PAWN, HDMR, Moment Independent and fractional factorial methods. |
|
Paquets de sistema
Els següents s’inclouen als repositoris:
| Programari | Instal·lació amb | Notes |
|---|---|---|
enllaç: amply |
|
Un paquet Python per a l’anàlisi de fitxers de dades AMPL/GMPL. |
enllaç: arules |
|
Proporciona la infraestructura per representar, manipular i analitzar dades i patrons de transaccions. |
enllaç: brain2mesh |
|
Una caixa d’eines de generació de malles tetraèdriques cerebrals d’alta qualitat totalment automatitzada. |
enllaç: contextualbandits |
|
Implementacions en Python d’algoritmes de bandits contextuals. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-cyipopt[cyipopt] |
|
Interfície Cython per a l’optimitzador de punts interiors IPOPT. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-editdistance[editdistance] |
|
Una implementació ràpida de la distància d’edició (distància de Levenshtein) en Python. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/fasttrack[FastTrack] |
|
Aplicació dissenyada per rastrejar múltiples objectes en gravacions de vídeo. |
enllaç: identify |
|
Biblioteca d’identificació de fitxers per a Python. |
enllaç: iso2mesh |
|
Un conjunt d’eines de generació i anàlisi de malles 3D basat en imatges mèdiques. |
enllaç: mcxlab |
|
Una caixa d’eines de simulació de transport de fotons de Monte Carlo en 3D. |
enllaç: MEAUtility |
|
Paquet Python per a la manipulació i estimulació de matrius multielèctrode (MEA). |
enllaç: mmc |
|
Un simulador de transport de fotons de Monte Carlo basat en malles 3D. |
enllaç: mne |
|
Anàlisi de dades de magnetoencefalografia (MEG) i electroencefalografia (EEG). |
enllaç: Nashpy |
|
Una biblioteca per al càlcul dels equilibris de Nash en jocs de dos jugadors. |
enllaç: neurodsp |
|
Un paquet Python per analitzar i simular sèries temporals neuronals, utilitzant el processament de senyals digitals. |
enllaç: neurosynth |
|
Síntesi a gran escala de dades de neuroimatge funcional. |
enllaç: NiaAML |
|
AutoML en Python. |
enllaç: NiaClass |
|
Marc de treball per resoldre tasques de classificació mitjançant algoritmes inspirats en la natura. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-niapy[NiaPy] |
|
Un paquet de Python per resoldre problemes d’optimització. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-nitime[nitime] |
|
Anàlisi de sèries temporals per a dades de neurociència. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-odml[odML] |
|
Format de fitxer per emmagatzemar metadades de manera organitzada. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/openmeeg[openmeeg] |
|
Un paquet C++ per resoldre els problemes directes de l’electroencefalografia (EEG) i la magnetoencefalografia (MEG). |
enllaç: pynwb |
|
Un paquet Python per treballar amb fitxers NWB. |
enllaç: PySpike |
|
Una biblioteca Python per a l’anàlisi numèrica de la similitud entre els segments de senyals. |
enllaç: pyswarms |
|
PySwarms és un conjunt d’eines de recerca extensible per a l’optimització d’eixams de partícules (PSO) en Python. |
enllaç: SALib |
|
Biblioteca d’anàlisi de sensibilitat. |
enllaç: shybrid |
|
GUI per generar dades híbrides de spiking de dades de terra |
enllaç: smart_open |
|
Utilitats per a la transmissió de fitxers grans (S3, HDFS, gzip, bz2 i més). |
enllaç: Spyking circus |
|
Una solució ràpida i escalable per a la classificació de pics d’extraccions a gran escala |
El programari que està a la cua d’inclusió es troba a l’enllaç: https://pagure.io/neuro-sig/NeuroFedora/issues?tags=F%3A+Data+Analysis [aquí].
Want to help? Learn how to contribute to Fedora Docs ›