Programari per a neurociència computacional
Paquets aigües amunt
Les eines següents es troben entre el programari que s’està provant actualment a NeuroFedora i es poden instal·lar directament des de les forges originals (per exemple, PyPi). Podeu veure l’enllaç dels resultats de les proves: aquí.
Paquets de Python
| Programari | Resum | pip (PyPi) | Notes |
|---|---|---|---|
enllaç: bluepyopt |
Biblioteca d’optimització de Python de Blue Brain (bluepyopt). |
|
|
enllaç: brian2 |
Un simulador basat en rellotges per a xarxes neuronals amb pics. |
|
|
enllaç: lfpy |
Un mòdul per modelar els potencials extracel·lulars de models de neurones multicompartimentals basats en NEURON. |
|
|
enllaç: libneuroml |
Una biblioteca de Python per treballar amb descripcions NeuroML de models neuronals. |
|
|
enllaç: nest-neat |
|
Actualment no s’instal·la a Python 3.13. https://github.com/nest/NEAT/issues/183 |
|
enllaç: netpyne |
Un paquet Python per desenvolupar, simular i analitzar xarxes neuronals biològiques a NEURON. |
|
|
enllaç: neurom |
NeuroM: un paquet lleuger d’anàlisi de morfologia neuronal. |
|
|
enllaç: neuromllite |
Un format comú basat en JSON/YAML per a l’especificació de xarxes compactes, estretament vinculat a NeuroML v2. |
|
|
enllaç: NEURON |
Simulador basat empíricament per modelar neurones i xarxes de neurones. |
|
|
enllaç: neurotune |
Una biblioteca de Python per optimitzar models neuronals. |
|
|
enllaç: pylems |
Una biblioteca de Python per treballar amb el llenguatge d’especificació de models de baixa entropia (LEMS). |
|
|
Python scripting interface of MOOSE Simulator (https://www.mooseneuro.org/). |
|
||
enllaç: pyneuroml |
Utilitats de Python per a NeuroML. |
|
|
enllaç: pynn |
Un paquet Python per a l’especificació independent del simulador de models de xarxes neuronals. |
|
|
enllaç: sciunit |
Un marc de treball basat en proves per validar formalment models científics amb dades. |
|
Paquets de sistema
Les següents utilitats d’ús general s’inclouen als repositoris:
| Programari | Instal·lació amb | Notes |
|---|---|---|
enllaç: arbor |
|
Una biblioteca d’alt rendiment per a simulacions de neurociència computacional |
enllaç: auryn |
|
Un paquet per simular xarxes neuronals de pics recurrents amb plasticitat dependent del temps de pics (STDP). |
enllaç: libneurosim |
|
Interfícies comunes per a simuladors neuronals |
enllaç: libsbml |
|
Biblioteca de llenguatge de marcatge de biologia de sistemes |
enllaç: libsonata |
|
Una interfície de Python i C++ per al format SONATA |
enllaç: moose |
|
Simulador de Neurociència i Biologia de Sistemes Multiescala |
enllaç: nest |
|
El simulador NEST |
Want to help? Learn how to contribute to Fedora Docs ›