Serveis públics
Paquets aigües amunt
Les eines següents es troben entre el programari que s’està provant actualment a NeuroFedora i es poden instal·lar directament des de les forges originals (per exemple, PyPi). Podeu veure l’enllaç dels resultats de les proves: aquí.
Paquets de Python
| Programari | Resum | pip (PyPi) | Notes |
|---|---|---|---|
enllaç: airspeed |
Airspeed és un motor de plantilles potent i fàcil d’utilitzar per a Python que busca un alt nivell de compatibilitat amb la popular biblioteca Velocity per a Java. |
|
|
enllaç: autograd |
Calcula de manera eficient les derivades del codi NumPy. |
|
|
enllaç: bokeh |
Gràfics interactius i aplicacions al navegador des de Python. |
|
|
enllaç: duecredit |
Rastrejador de publicacions (i donacions). |
|
|
enllaç: editdistance |
Implementació ràpida de la distància d’edició (distància de Levenshtein). |
|
|
enllaç: formulaic |
Una implementació de fórmules de Wilkinson. |
|
|
enllaç: genepy3d |
Biblioteca Python per a geometria quantitativa 3D en microscòpia computacional. |
|
|
enllaç: hiveplotlib |
Visualitzeu dades de xarxa amb gràfics Hive. |
|
|
enllaç:https://pypi.org/project/hl7/[hl7] |
Biblioteca Python que analitza missatges HL7 v2.x. |
|
|
Matplotlib Jupyter Extension. |
|
||
enllaç: lazyarray |
Un paquet de Python que proporciona una classe de matrius numèriques avaluada de manera dilatada, larray, basada en les matrius NumPy i compatible amb elles. |
|
|
enllaç: lqrt |
Prova robusta d’hipòtesis de paràmetres d’ubicació mitjançant la prova de tipus de raó de probabilitat Lq en Python. |
|
|
enllaç: meshparty |
un servei per treballar amb malles. |
|
|
enllaç: morph-tool |
Una col·lecció d’interfaces de línia de comandament (CLI) i funcions de Python relacionades amb el maneig de la morfologia. |
|
|
enllaç: npyx |
Utilitats per carregar, processar i representar gràficament dades de neuropíxels en Python. |
|
|
enllaç: numba |
compilació de codi Python amb LLVM. |
|
|
enllaç: optuna |
Un marc de treball per a l’optimització d’hiperparàmetres. |
|
|
enllaç: pyspi |
Biblioteca per a l’anàlisi per parells de dades de sèries temporals. |
|
|
An open-source interactive data visualization library for Python. |
|
Use in a jupyter notebook requires |
|
enllaç: plotnine |
Una gramàtica de gràfics per a Python. |
|
|
enllaç: pydeps |
Mostra les dependències del mòdul. |
|
|
enllaç:https://pypi.org/project/pyemd/[pyemd] |
Un contenidor de Python per a la implementació d’Ofir Pele i Michael Werman de la Distància del Movedor de Terres. |
|
Sense manteniment aigües amunt |
enllaç: pyfim |
Mineria de conjunts d’elements freqüents i inducció de regles d’associació per a Python. |
|
|
enllaç: pylatex |
Una biblioteca de Python per crear fitxers i fragments de codi LaTeX. |
|
Requereix LaTeX |
Convenient reader for Matlab mat files. |
|
||
enllaç: pyomexmeta |
|
||
enllaç: pyplane |
Interfície amb el xip de classe CoACH d’INI a través de PLANE (Plataforma per a l’aprenentatge d’enginyeria neuromòrfica) basat en Teensy. |
|
Sense manteniment aigües amunt, no s’instal·la |
enllaç: pyxid2 |
Biblioteca Python per a la interfície amb dispositius Cedrus XID, p. ex. StimTracker, Riponda, RB-x40, c-pod i Lumina. |
|
Requereix controladors ftd: https://pypi.org/project/ftd2xx/ |
enllaç: ratinabox |
RatInABox: Un paquet per simular la navegació espacial i la representació espacial de dades neuronals en entorns 2D continus. |
|
|
enllaç: read-roi |
Llegeix els fitxers ROI .zip o .roi generats amb ImageJ. |
|
|
Scikit-learn models hyperparameter tuning and feature selection using evolutionary algorithms. |
|
||
Cerca utilitzant algoritmes inspirats en la natura sobre valors de paràmetres especificats per a un estimador sklearn. |
|
No s’instal·la a Py3.12+. No hi ha cap mòdul anomenat 'numpy.distutils'. No hi ha cap mòdul anomenat 'numpy.distutils' |
|
Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses. |
|
Gestors de referències/bibliografia
Fedora actualment no inclou cap d’aquestes eines. Tanmateix, els desenvolupadors proporcionen binaris precompilats que estan llestos per utilitzar.
enllaç: JabRef |
Gestor de bibliografia complet escrit en Java. |
enllaç: Zotero |
Client de Zotero. També podeu crear un compte al servei web de Zotero i utilitzar-lo per sincronitzar la vostra bibliografia entre diferents màquines. |
Paquets de sistema
Les següents utilitats d’ús general s’inclouen als repositoris:
| Programari | Instal·lació amb | Notes |
|---|---|---|
enllaç: bioread |
|
Utilitats per treballar amb fitxers del programari AcqKnowlege de BIOPAC |
enllaç: BluePyOpt |
|
Biblioteca d’optimització Blue Brain Python |
enllaç: chaospy |
|
Eina numèrica per realitzar la quantificació de la incertesa mitjançant polinomis. |
enllaç: connection_pool |
|
Grup de connexions segur per a fils per a Python. |
enllaç: datalad |
|
Mantingueu el codi, les dades i els contenidors sota control amb git i git-annex. |
enllaç: datrie |
|
Trie súper ràpid i emmagatzemat de manera eficient per a Python. |
enllaç: devicely |
|
Paquet Python per llegir, desplaçar temporalment i escriure dades de sensors. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/earcut-hpp[earcut.hpp] |
|
Port C++ d’earcut.js, una biblioteca de triangulació de polígons ràpida i només d’encapçalament. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/edflib[edflib] |
|
Biblioteca C/C++ per llegir/escriure fitxers EDF+ i BDF+. |
enllaç:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-exdir[exdir] |
|
Estàndard d’estructura de directoris per a pipelines experimentals. |
enllaç: Git-changelog |
|
Un generador automàtic de registre de canvis que utilitza plantilles Jinja2. Des de registres de git fins a registres de canvis. |
enllaç: GNU Octave |
|
GNU Octave: Llenguatge de programació científica. FOSS, compatible amb scripts de Matlab. |
enllaç: Eina de gràfics |
|
Un mòdul Python eficient per a la manipulació i l’anàlisi estadística de grafs (també coneguts com a xarxes). |
enllaç: gsl-lite |
|
Una versió només amb capçalera de fitxer de la Biblioteca de Suport de Directives ISO C++ (GSL) per a C++98, C++11 i posteriors. |
enllaç: HighFive |
|
Una interfície moderna només amb capçalera per a C++11 per a libhdf5 |
enllaç: inspyred |
|
Biblioteca per a la intel·ligència computacional bioinspirada. |
enllaç: interrogate |
|
Interroga una base de codi per a la cobertura de docstring. |
enllaç: JSONLab |
|
Un codificador/descodificador JSON/UBJSON/MessagePack per a GNU Octave. |
enllaç: llvmlite |
|
Un enllaç LLVM-Python lleuger per escriure compiladors JIT. |
enllaç: mapbox-earcut |
|
Triangulació molt ràpida i força robusta de polígons 2D. |
enllaç: matplotlib-venn |
|
Rutines de representació de diagrames de Venn per a Python/Matplotlib. |
enllaç: missingno |
|
Falta el mòdul de visualització de dades per a Python. |
enllaç: MorphIO |
|
Una biblioteca de Python i C++ per llegir i escriure morfologies neuronals. |
enllaç: NeuroM |
|
Eines de Python per a l’anàlisi i el processament de morfologies neuronals. |
enllaç: OWL_RL |
|
Inferència de tancament RDF basada en OWL-RL i RDFS per a Python. |
enllaç: Pew |
|
Gestor d’entorns virtuals escrit en Python pur. |
enllaç: Pooch |
|
Un amic per obtenir els vostres fitxers de dades. |
enllaç: pre-commit |
|
Framework per gestionar i mantenir hooks de pre-commit multilingües. |
enllaç: progressbar2 |
|
Un Progressb |
Pila científica de Python
El grup de paquets python-science inclou biblioteques científiques de Python que s’utilitzen habitualment. Això es pot instal·lar mitjançant dnf:
sudo dnf install @python-scienceEls paquets individuals també es poden instal·lar de manera independent:
|
The Python plotting package. |
|
|
Jupyter notebook. |
|
|
Fundamental package for array computing with Python. |
|
|
Python Data Analysis library. |
|
|
The Python Imaging Library. |
|
|
Read ROI files .zip or .roi generated with ImageJ. |
|
|
Collection of algorithms for image processing. |
|
|
Machine learning in Python. |
|
|
Python library for scientific computing. |
|
|
Statistics in Python. |
|
|
Library for symbolic mathematics. |
|
|
An interactive multitool for tabular data. |
Want to help? Learn how to contribute to Fedora Docs ›