Software für Datenanalyse
Upstream-Pakete
Die folgenden Werkzeuge gehören zu der Software, die derzeit in NeuroFedora getestet wird und direkt von den Upstream-Forges (z.B. PyPi) installiert werden kann. Die Testergebnisse finden Sie hier.
Python-Pakete
| Software | Zusammenfassung | pip (PyPi) | Hinweise |
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Kernbibliotheken für allensdk. |
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Datenanalyse und Visualisierung mittels Bootstrap-gekoppelter Schätzung. |
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Befehlszeilenclient zur Interaktion mit DANDI-Instanzen. |
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Electrophys Feature Extract Library (eFEL). |
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Paket zur Analyse elektrophysiologischer Daten in Python. |
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Dienstprogramme zum Lesen und Schreiben von Python-Datentypen in und aus HDF5-Dateien, einschließlich MATLAB v7.3 MAT-Dateien. |
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Python-SDK zur Interaktion mit neurowissenschaftlichen Daten über die Boss-API. |
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Spike-Erkennung und automatisches Clustering zur Spike-Sortierung. |
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Upstream nicht gepflegt |
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Ein minimalistisches Framework für das numerische Assoziationsregel-Mining. |
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Pingouin: Statistikpaket für Python. |
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Python-Paket zur Handhabung von Sondenlayout, Geometrie und Verdrahtung zum Gerät. |
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Python-Bibliothek zum Lesen von Dateien im Axon-Binärformat (ABF). |
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pybv – ein leichtgewichtiges I/O-Dienstprogramm für das BrainVision-Datenformat. |
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22 kanonische Zeitreihenmerkmale. |
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Bibliothek zum Lesen und Schreiben von EDF+/BDF+-Dateien. |
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Eine Python-Bibliothek zur Analyse elektrophysiologischer Daten. |
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Maschinelles Lernen für multivariate Daten mit Riemannscher Geometrie. |
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Bibliothek zur paarweisen Analyse von Zeitreihendaten. |
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Vereinheitlichter Werkzeugkasten für die Analyse komplexer Netzwerke und Rekurrenz. |
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Python-Paket zum Importieren von XDF-Dateien (Extensible Data Format). |
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Systempakete
Folgendes ist in den Paketquellen verfügbar:
| Software | Installieren mit | Hinweise |
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Ein Python-Paket für die Auswertung von AMPL/GMPL-Datendateien. |
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Bietet die Infrastruktur zur Darstellung, Bearbeitung und Analyse von Transaktionsdaten und -mustern. |
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Ein vollautomatisches Werkzeug zur Generierung hochwertiger Gehirn-Tetraedernetze. |
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Python-Implementierungen von Kontextbandit-Algorithmen. |
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Cython-Schnittstelle für den Interior Point Optimizer IPOPT. |
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Eine schnelle Implementierung der Editierdistanz (Levenshtein-Distanz) in Python. |
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Anwendung zur Verfolgung mehrerer Objekte bei Videoaufnahmen. |
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Dateiidentifizierungsbibliothek für Python. |
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Ein Toolkit zur Generierung und Analyse von 3D-Netzen auf Basis medizinischer Bilddaten. |
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Eine dreidimenionale Monte Carlo Photonentransport-Simulations-Toolbox. |
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Python-Paket für die Handhabung und Stimulation von Multi-Elektroden-Arrays (MEA). |
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Ein dreidimensionaler, netzbasierter Monte-Carlo-Photonentransportsimulator. |
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Analyse von Magnetoenzephalographie- (MEG) und Elektroenzephalographie- (EEG) Daten. |
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Eine Bibliothek zur Berechnung von Nash-Gleichgewichten in Zwei-Spieler-Spielen. |
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Ein Python-Paket zur Analyse und Simulation neuronaler Zeitreihen mittels digitaler Signalverarbeitung. |
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Groß angelegte Synthese von funktionellen neurobildgebenden Daten. |
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AutoML in Python. |
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Framework zur Lösung von Klassifizierungsaufgaben mithilfe von naturinspirierten Algorithmen. |
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Ein Python-Paket zur Lösung von Optimierungsproblemen. |
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Zeitreihenanalyse für neurowissenschaftliche Daten. |
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Dateiformat zur organisierten Speicherung von Metadaten. |
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Ein C++-Paket zur Lösung der Vorwärtsprobleme der Elektroenzephalographie (EEG) und Magnetoenzephalographie (MEG). |
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Ein Python-Paket zur Arbeit mit NWB-Dateien. |
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Eine Python-Bibliothek zur numerischen Analyse der Spiketrain-Ähnlichkeit |
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Erweiterbares Forschungstoolkit für die Partikelschwarmoptimierung (PSO) in Python. |
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Bibliothek für Sensitivitätsanalysen. |
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GUI zur Generierung hybrider Ground-Truth-Spiking-Daten |
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Dienstprogramme zum Streamen großer Dateien (S3, HDFS, gzip, bz2 und mehr). |
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Eine schnelle und skalierbare Lösung für die Spike-Sortierung von groß angelegten extrazellulären Ableitungen. |
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Dreiecksnetze importieren, exportieren, verarbeiten, analysieren und anzeigen. |
Die Software, die sich in der Warteschlange für die Aufnahme befindet, ist hier aufgelistet.
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