Software für die Computerneurowissenschaften
Upstream-Pakete
Die folgenden Werkzeuge gehören zu der Software, die derzeit in NeuroFedora getestet wird und direkt von den Upstream-Forges (z.B. PyPi) installiert werden kann. Die Testergebnisse finden Sie hier.
Python-Pakete
| Software | Zusammenfassung | pip (PyPi) | Hinweise |
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Blue Brain Python-Optimierungsbibliothek (bluepyopt). |
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Ein taktgesteuerter Simulator für spikende neuronale Netze. |
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Ein Modul zur Modellierung extrazellulärer Potenziale von Mehrkompartiment-Neuronenmodellen, das auf NEURON basiert. |
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Eine Python-Bibliothek zur Arbeit mit NeuroML-Beschreibungen neuronaler Modelle. |
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Lässt sich derzeit nicht mit Python 3.13 installieren. https://github.com/nest/NEAT/issues/183 |
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Ein Python-Paket zur Entwicklung, Simulation und Analyse biologischer neuronaler Netzwerke in NEURON. |
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NeuroM: ein leichtgewichtiges Softwarepaket zur Analyse der Neuronenmorphologie. |
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Ein gängiges JSON/YAML-basiertes Format für die kompakte Netzwerkspezifikation, eng verbunden mit NeuroML v2. |
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Empirisch basierter Simulator zur Modellierung von Neuronen und neuronalen Netzwerken. |
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Eine Python-Bibliothek für die Optimierung neuronaler Modelle. |
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Eine Python-Bibliothek für die Arbeit mit der „Low Entropy Model Specification language“ (LEMS). |
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Python-Skriptschnittstelle des MOOSE Simulators (https://moose.ncbs.res.in). |
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Python-Dienstprogramme für NeuroML. |
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Ein Python-Paket zur simulatorunabhängigen Spezifikation neuronaler Netzwerkmodelle. |
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Ein testgetriebenes Framework zur formalen Validierung wissenschaftlicher Modelle anhand von Daten. |
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Systempakete
Die folgenden Allzweck-Dienstprogramme sind in den Paketquellen enthalten:
| Software | Installieren mit | Hinweise |
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Eine leistungsstarke Bibliothek für Simulationen in der Computerneurowissenschaft |
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Ein Softwarepaket zur Simulation rekurrenter gepulster neuronaler Netze mit „Spike Timing Dependent Plasticity“ (STDP). |
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Gemeinsame Schnittstellen für neuronale Simulatoren |
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Bibliothek der „Systems Biology Markup Language“ |
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Eine Python- und C++-Schnittstelle für das SONATA-Format |
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Multiskalierbarer Neurowissenschafts- und Systembiologie-Simulator |
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Der NEST-Simulator |
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