Dienstprogramme
Upstream-Pakete
Die folgenden Werkzeuge gehören zu der Software, die derzeit in NeuroFedora getestet wird und direkt von den Upstream-Forges (z.B. PyPi) installiert werden kann. Die Testergebnisse finden Sie hier.
Python-Pakete
| Software | Zusammenfassung | pip (PyPi) | Hinweise |
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Airspeed is a powerful and easy-to-use templating engine for Python that aims for a high level of compatibility with the popular Velocity library for Java. |
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Efficiently computes derivatives of NumPy code. |
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Interactive plots and applications in the browser from Python. |
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Publications (and donations) tracer. |
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Fast implementation of the edit distance (Levenshtein distance). |
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An implementation of Wilkinson formulas. |
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Python Library for 3D Quantitative Geometry in Computation Microscopy. |
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Visualize Network Data with Hive Plots. |
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Python library parsing HL7 v2.x messages. |
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Matplotlib Jupyter Extension. |
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A Python package that provides a lazily-evaluated numerical array class, larray, based on and compatible with NumPy arrays. |
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Robust Hypothesis Testing of Location Parameters using Lq-Likelihood-Ratio-Type Test in Python. |
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a service to work with meshes. |
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A collection of CLIs and python function related to morphology handling. |
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Utilities to load, process, and plot Neuropixels data in Python. |
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compiling Python code using LLVM. |
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A hyperparameter optimization framework. |
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Parameterize and run Jupyter and nteract Notebooks. |
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An open-source interactive data visualization library for Python. |
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Use in a jupyter notebook requires |
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A Grammar of Graphics for Python. |
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Display module dependencies. |
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A Python wrapper for Ofir Pele and Michael Werman’s implementation of the Earth Mover’s Distance. |
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Unmaintained upstream |
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Frequent Item Set Mining and Association Rule Induction for Python. |
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A Python library for creating LaTeX files and snippets. |
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Requires LaTeX |
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Interface to INI’s CoACH class-chip via Teensy based PLANE (Platform for Learning About Neuromorphic Engineering). |
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Unmaintained upstream, does not install |
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Python library for interfacing with Cedrus XID devices, e.g. StimTracker, Riponda, RB-x40, c-pod, and Lumina. |
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Requires ftd drivers: https://pypi.org/project/ftd2xx/ |
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RatInABox: A package for simulating spatial navigation and spatial representation neural data in continuous 2D environments. |
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Read ROI files .zip or .roi generated with ImageJ. |
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Scikit-learn models hyperparameters tuning and features selection, using evolutionary algorithms. |
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Search using nature inspired algorithms over specified parameter values for an sklearn estimator. |
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Does not install in Py3.12+. No module named 'numpy.distutils'. No module named 'numpy.distutils' |
Referenz-/Bibliographie-Manager
Fedora enthält derzeit keines dieser Werkzeuge. Die Entwickler stellen jedoch vorkompilierte Binärdateien zur Verfügung, die sofort einsatzbereit sind.
Vollwertiger Bibliografie-Manager, geschrieben in Java. |
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Zotero-Client. Sie können auch ein Konto beim Zotero-Webdienst erstellen und diesen nutzen, um Ihre Bibliografie zwischen verschiedenen Rechnern zu synchronisieren. |
Systempakete
Die folgenden Allzweck-Dienstprogramme sind in den Paketquellen enthalten:
| Software | Installieren mit | Hinweise |
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Dienstprogramme zur Bearbeitung von Dateien aus der AcqKnowlege-Software von BIOPAC. |
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Blue Brain Python Optimisation Library |
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Numerisches Werkzeug zur Unsicherheitsquantifizierung mittels Polynomen. |
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Threadsicherer Verbindungspool für Python. |
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Mit Git und Git-Annex die Kontrolle über Code, Daten und Container behalten |
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Superschneller, effizient gespeicherter Trie für Python. |
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Python-Paket zum Lesen, Zeitversetzen und Schreiben von Sensordaten. |
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C++-Portierung von earcut.js, einer schnellen, nur aus Headern bestehenden Bibliothek zur Polygon-Triangulation. |
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C/C+-Bibliothek zum Lesen und Schreiben von EDF- und BDF+-Dateien. |
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Verzeichnisstrukturstandard für experimentelle Pipelines. |
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Ein automatischer Changelog-Generator mit Jinja2-Vorlagen. Von Git-Logs zu Änderungsprotokollen. |
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GNU Octave: Wissenschaftliche Programmiersprache. FOSS, kompatibel mit Matlab-Skripten. |
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Ein effizientes Python-Modul zur Manipulation und statistischen Analyse von Graphen (oder Netzwerken). |
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Eine Header-only-Version der ISO C++ Guidelines Support Library (GSL) für C++98, C++11 und spätere Versionen. |
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Eine moderne, ausschließlich auf Headern basierende C++11-kompatible Schnittstelle für libhdf5 |
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Bibliothek für biologisch inspirierte Computerintelligenz. |
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Eine Codebasis auf Docstring-Abdeckung untersuchen. |
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Ein JSON/UBJSON/MessagePack-Encoder/-Decoder für GNU Octave. |
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Eine leichtgewichtige LLVM-Python-Bindung zum Schreiben von JIT-Compilern. |
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Sehr schnelle und recht robuste Triangulation von 2D-Polygonen. |
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Routinen zum Erstellen von Venn-Diagrammen für Python/Matplotlib. |
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Modul zur Visualisierung fehlender Daten für Python. |
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Eine Python- und C++-Bibliothek zum Lesen und Schreiben neuronaler Morphologien. |
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Python-Toolkit zur Analyse und Verarbeitung von Neuronenmorphologien. |
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OWL-RL- und RDFS-basierte RDF-Closure-Inferenz für Python. |
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Virtueller Umgebungsmanager, geschrieben in reinem Python. |
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Ein Freund, der Ihre Datendateien abruft. |
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Framework zur Verwaltung und Pflege von mehrsprachigen Pre-Commit-Hooks. |
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Eine Progressbar-Bibliothek zur visuellen Darstellung des Fortschritts bei langlaufenden Operationen. |
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Eine Python-API für lineare Programmierung. |
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Python-Bibliothek zum Lesen und Schreiben von EDF+/BDF+-Dateien, basierend auf EDFlib. |
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Werkzeugkasten zur Parametererkundung. |
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Phasenraumanalyse nichtlinearer Systeme |
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Python-Modul zur Bereitstellung von Ratenbegrenzung. |
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Python rdflib-Erweiterung zum Hinzufügen eines JSON-LD-Parsers und -Serialisierers. |
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Von der Natur inspirierte Algorithmen zur Hyperparameteroptimierung von Scikit-Learn-Modellen. |
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Workflow-Managementsystem zur Erstellung reproduzierbarer und skalierbarer Datenanalysen. |
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Eine leistungsstarke wissenschaftliche Umgebung, geschrieben in Python, für Python und entwickelt von und für Wissenschaftler, Ingenieure und Datenanalytiker. |
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Timeout-Steuerungsdekorator und Kontextmanager. |
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Implementiert einen topologischen Sortieralgorithmus. |
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Visualisierung von Kategorisierungsdaten. |
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wxPython-Widget, mit dem Benutzer die Inhalte eines XNAT-Repositorys durchsuchen können. |
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Ein neuer XNAT-Client, der XNAT-Objekte/-Funktionen als Python-Objekte/-Funktionen bereitstellt. |
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Eine portable Toolbox zur Datenkomprimierung und -dekomprimierung für GNU Octave. |
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Eine portable Bibliothek mit einfach zu bedienenden Schnittstellen zur Datenkomprimierung und -dekomprimierung. |
Python Science-Stack
Die Paketgruppe python-science enthält häufig verwendete wissenschaftliche Python-Bibliotheken. Diese kann mit dnf installiert werden:
sudo dnf install @python-scienceDie einzelnen Pakete können auch unabhängig voneinander installiert werden:
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Das Python-Plot-Paket. |
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Jupyter-Notizbuch. |
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Grundlegendes Paket für Array-Berechnungen mit Python. |
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Python-Bibliothek zur Datenanalyse. |
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Die Python-Imaging-Bibliothek. |
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Mit ImageJ erstellte ROI-Dateien im .zip- oder .roi-Format lesen. |
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Sammlung von Algorithmen zur Bildverarbeitung. |
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Maschinelles Lernen in Python. |
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Python-Bibliothek für wissenschaftliche Berechnungen. |
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Statistiken in Python. |
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Bibliothek für symbolische Mathematik. |
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Ein interaktives Multifunktionswerkzeug für Tabellendaten. |
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