Software para neuro-imagen

Paquetes en proyecto

Las herramientas siguientes están entre el software disponible actualmente en NeuroFedora y puede ser instalado directamente desde las forjas en desarrollo (p.ej., PyPi). Puede ver los resultados de las pruebas aquí.

Paquetes de Python

Software Resumen pip (PyPi) Notas

dipy

Imágenes de resonancia magnética de difusión en Python.

dipy

mne

Proyecto MNE-Python para el análisis de datos MEG y EEG.

mne

mne-bids

MNE-BIDS: Organización de datos MEG, EEG e iEEG según la especificación BIDS y facilitación de su análisis con MNE-Python.

mne-bids

nilearn

Aprendizaje estadístico para neuroimagen en Python.

nilearn

nipy

Un paquete de Python para el análisis de datos de neuroimagen.

nipy

nipype

Neuroimagen en Python: Pipelines e interfaces.

nipype

pybids

bids: interfaz con conjuntos de datos que cumplen con BIDS.

pybids

wxnatpy

Navegador de repositorios XNAT de wxPython.

wxnatpy

No se compila desde PyPi

Paquetes del sistema

Los siguientes elementos están incluidos en los repositorios:

Software Install with Notes

Alizams

sudo dnf install alizams

A DICOM viewer.

DICOMAnonymizer

sudo dnf install dicomanonymizer

A multi-threaded anonymizer for DICOM files implementing most of DICOM PS 3.15 AnnexE

dipy

sudo dnf install python3-dipy

Diffusion MRI utilities in Python.

ephyviewer

sudo dnf install python3-ephyviewer

A Python library based on pyqtgraph for building custom viewers for electrophysiological signals, video, events, epochs, spike trains, data tables, and time-frequency representations of signals.

fsleyes

sudo dnf install python3-fsleyes

FSLeyes, the FSL image viewer.

gifticlib

sudo dnf install gifticlib

Reference IO implementation for GIFTI

giftiio

sudo dnf install python3-giftiio

Python library for working with GIFTI.

jnifti

sudo dnf install octave-jnifti

A fast NIfTI-1/2 reader and NIfTI-to-JNIfTI converter

nilearn

sudo dnf install python3-nilearn

Python module for fast and easy statistical learning on NeuroImaging data.

nistats

sudo dnf install python3-nistats

Modeling and Statistical analysis of fMRI data in Python.

octave-dicom

sudo dnf install octave-dicom

dicom: file io for medical images and other data.

pybids

sudo dnf install python3-pybids

Interface with datasets conforming to BIDS.

petlink

sudo dnf install python3-petlink

Decode and encode Petlink data streams (32 and 64 bit).

pynetdicom

sudo dnf install python3-pynetdicom

A Python implementation of the DICOM networking protocol.

El software que está en la cola para inclusión se lista aquí.

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