Uso de MPI ((Message Passing Interface) en Fedora

Donde se mantiene, el software en NeuroFedora también se compila también con compatibilidad con MPI. Fedora incluye implementaciones de MPI en los enlaces MPICH y OpenMPI. El software puede utilizarse con cualquiera de estas implementaciones o sin mantenimiento para MPI (si existe una versión sin mantenimiento para MPI).

El software creado con MPI se proporciona como paquetes separados para cada implementación de MPI:

<software>-mpich
<software>-openmpi

Estos paquetes se pueden instalar usando DNF de la misma manera que los paquetes normales.

Los binarios proporcionados por el software, si los hubiera, también llevarán un sufijo para indicar claramente qué implementación de MPI se está utilizando:

<binario>_mpich
<binario>_mpi

Por ejemplo, NEST se proporciona como:

nido-mpich
nido-openmpi

y los binarios en estos se denominan respectivamente:

nido_mpich
nest_openmpi

Módulos del entorno MPI

Para usar una compilación MPI, se debe cargar el enlace correspondiente: módulo de entorno. Estos configuran correctamente las rutas y las variables de entorno. Para compilaciones MPICH:

module load mpi/mpich-$arch # $arch es la arquitectura, por ejemplo x86_64

Para compilaciones OpenMPI:

module load mpi/openmpi-$arch # $arch es la arquitectura, por ejemplo x86_64

La arquitectura se puede obtener utilizando el comando uname en una terminal:

uname -m

Por lo general, es más fácil agregar estas líneas al archivo ~/.bashrc (para usuarios de bash) para que estos comandos se ejecuten automáticamente en cada inicio de sesión.

Cuando sea necesario, el uso de software con MPI se documenta en una página aparte.

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