Utilidades
Upstream packages
The following tools are among the software currently tested in NeuroFedora and can be installed directly from upstream forges (e.g. PyPi). You can see the tests results here.
Python packages
| Software | Summary | pip (PyPi) | Notes |
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Airspeed es un motor de plantilla potente y fácil de usar para Python que apunta a un alto nivel de compatibilidad con la librería popular Velocity para Java. |
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Calcula de manera eficiente las derivadas del código NumPy. |
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Rastreador de publicaciones (y donaciones). |
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Implementación rápida del editor de distancia (Levenshtein distance). |
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Una implementación de fórmulas Wilkinson. |
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Librería Python para Geometría Cuantitativa 3D en Microscopía Computacional. |
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Visualizar Datos de Red con Gráficos de Hive. |
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Librería Python que analiza mensajes HL7 v2.x. |
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Extensión Matplotlib Jupyter. |
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Un paquete Python que proporciona una clase de matriz numérica evaluada de forma diferida, larray, basada en y compatible con matrices NumPy. |
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Prueba de Hipótesis Robusta de Parámetros de Ubicación Mediante la Prueba de Tipo Lq-Likelihood-Ratio en Python. |
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un servicio que trabaja con mallas. |
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Una colección de CLIs (Interfaces de Línea de Comandos) y funciones de python relacionadas con el manejo de la morfología. |
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Utilitidades para cargar, procesar y hacer gráficos de Neuropixels en Python. |
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compilar código Python usando LLVM. |
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Un marco de optimización de hiperparámetros. |
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Parametriza y ejecuta Jupyter y nteract Notebooks. |
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Una librería interactiva de código abierto de visualización de datoa para Python. |
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Usada en un portátil jupyter requiere |
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Una Gramática de Gráficos para Python. |
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Muestra las dependencias de módulo. |
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Un contenedor de Python wrapper para la implementación de la función de distancia de Earth Mover de Ofir Pele y Michael Werman . |
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No mantenida desde arriba |
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Minería de Conjuntos de Elementos Frecuentes e Inducción de Reglas de Asociación para Python. |
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Una librería Python para la creación de archivos y fragmentos LaTeX. |
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Requiere LaTeX |
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Interfaz para el chip clase CoACH de INI por medio de Teensy basado en PLANE (Platform for Learning About Neuromorphic Engineering) (Plataforma para Aprendizaje Sobre Ingeniería Neuromórfica). |
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Sin mantenimiento upstream, no se instala |
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Librería Python para interactuar con dispositivos Cedrus XID, por ejemplo StimTracker, Riponda, RB-x40, c-pod y Lumina. |
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Requiere controladores ftd: https://pypi.org/project/ftd2xx/ |
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RatInABox: Un paquete para simular navegación y representación especial de datos neuronales en entornos 2D continuos. |
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Lee archivos ROI .zip o .roi generados con ImageJ. |
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Scikit-learn modela el ajuste de hiperparámetros y la selección de características mediante algoritmos evolutivos. |
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Búsqueda mediante algoritmos inspirados en la naturaleza sobre valores de parámetros específicos para un estimador de sklearn. |
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No se instala en Py3.12+. Sin módulo llamado 'numpy.distutils'. Sin módulo llamado 'numpy.distutils' |
Gestores de referencia/bibliografía
Fedora actualmente no incluye ninguna de estas herramientas. Sin embargo, los desarrolladores proporcionan binarios pre-compilados que están preparadas para su uso.
Gestor completo de características de bibliografía escritos en Java. |
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Cliente Zotero. Además puede crear una cuenta en el servicio-web Zotero y utilizarlo para sincronizar su bibliografías entre diferentes máquinas. |
System packages
The following general purpose utilties are included in the repositories:
| Software | Install with | Notes |
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Utilities to work with files from BIOPAC’s AcqKnowlege software |
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The Bokeh Visualization Library |
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Blue Brain Python Optimisation Library |
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Numerical tool for performing uncertainty quantification using polynomial. |
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Thread-safe connection pool for python. |
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Keep code, data, containers under control with git and git-annex. |
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Super-fast, efficiently stored Trie for Python. |
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Python package for reading, timeshifting and writing sensor data. |
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C++ port of earcut.js, a fast, header-only polygon triangulation library. |
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C/C++ library to read/write EDF+ and BDF+ files. |
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Directory structure standard for experimental pipelines. |
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An automatic Changelog generator using Jinja2 templates. From git logs to change logs. |
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GNU Octave: Scientific programming language. FOSS, compatible with Matlab scripts. |
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An efficient Python module for manipulation and statistical analysis of graphs (a.k.a. networks). |
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A single-file header-only version of ISO C++ Guidelines Support Library (GSL) for C++98, C++11, and later. |
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A modern header-only C++11 friendly interface for libhdf5 |
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Library for bio-inspired computational intelligence. |
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Interrogate a codebase for docstring coverage. |
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A JSON/UBJSON/MessagePack encoder/decoder for GNU Octave. |
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A lightweight LLVM-Python binding for writing JIT compilers. |
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Very fast and quite robust triangulation of 2D polygons. |
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Venn diagram plotting routines for Python/Matplotlib. |
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Missing data visualization module for Python. |
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A python and C++ library for reading and writing neuronal morphologies. |
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Python toolkit for the analysis and processing of neuron morphologies. |
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OWL-RL and RDFS based RDF Closure inferencing for Python. |
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Virtual environment manager written in pure Python. |
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An open-source, interactive data visualization library for Python. |
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A friend to fetch your data files. |
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Framework for managing and maintaining multi-language pre-commit hooks. |
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A Progressbar library to provide visual progress to long running operations. |
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A python Linear Programming API. |
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Python library to read/write EDF+/BDF+ files, based on EDFlib. |
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Parameter exploration toolbox. |
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Phase plane analysis of nonlinear systems |
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Python module providing rate limiting. |
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Python rdflib extension adding JSON-LD parser and serializer. |
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Nature-inspired algorithms for hyper-parameter tuning of Scikit-Learn models. |
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Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses. |
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A powerful scientific environment written in Python, for Python, and designed by and for scientists, engineers and data analysts. |
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Timeout control decorator and context managers. |
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Implements a topological sort algorithm. |
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Visualizing categorical data. |
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wxnatpy is a wxPython widget which allows users to browse the contents of a XNAT repository. |
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A new XNAT client that exposes XNAT objects/functions as python objects/functions. |
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A portable data compression/decompression toolbox for GNU Octave. |
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A portable library with easy-to-use data compression/decompression interfaces. |
Pila de Ciencia Python
El grupo de paquete python-science incluye bibliotecas Python científicas utilizadas comúnmente. Esto puede ser instalado utilizando dnr:
sudo dnf install @python-scienceLos paquetes individuales además pueden ser instalados independientemente:
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The Python plotting package. |
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Jupyter notebook. |
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Fundamental package for array computing with Python. |
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Python Data Analysis library. |
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The Python Imaging Library. |
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Read ROI files .zip or .roi generated with ImageJ. |
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Collection of algorithms for image processing. |
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Machine learning in Python. |
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Python library for scientific computing. |
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Statistics in Python. |
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Library for symbolic mathematics. |
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An interactive multitool for tabular data. |
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