Utilisation de MPI (Message Passing Interface) sous Fedora
Lorsque cela est possible, les logiciels de NeuroFedora sont également compilés avec la prise en charge de MPI. Fedora inclut les implémentations de MPI disponibles sur MPICH et OpenMPI. Les logiciels peuvent être utilisés avec l’une ou l’autre de ces implémentations, ou sans prise en charge de MPI (si une version non MPI est disponible).
Les logiciels construits avec MPI sont fournis sous forme de packages distincts pour chaque implémentation MPI :
<logiciel>-mpich <logiciel>-openmpi
Ces paquets peuvent être installés à l’aide de DNF de la même manière que les paquets normaux.
Les fichiers binaires fournis par le logiciel, le cas échéant, seront également suffixés pour indiquer clairement quelle implémentation de MPI est utilisée :
<binaire>_mpich <binaire>_mpi
Par exemple, NEST est fourni comme suit :
nid-mpich nid-openmpi
et les binaires qu’ils contiennent sont respectivement nommés :
nid_mpich nid_openmpi
Modules d’environnement MPI
Pour utiliser une compilation MPI, le lien approprié : module d’environnement doit être chargé. Cela configure correctement les chemins et les variables d’environnement. Pour les compilations MPICH :
module load mpi/mpich-$arch # $arch correspond à l'architecture, par exemple x86_64Pour les compilations OpenMPI :
module load mpi/openmpi-$arch # $arch correspond à l'architecture, par exemple x86_64L’architecture peut être obtenue à l’aide de la commande uname dans un terminal :
parmi eux -mIl est généralement plus facile d’ajouter ces lignes au fichier ~/.bashrc (pour les utilisateurs de bash) afin que ces commandes soient automatiquement exécutées à chaque connexion.
Le cas échéant, l’utilisation du logiciel avec MPI est documentée sur une page séparée.
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