Utilitaires
Paquets en amont
Les outils suivants font partie des logiciels actuellement testés dans NeuroFedora et peuvent être installés directement depuis les dépôts de développement (par exemple, PyPI). Vous pouvez consulter les résultats des tests ici : https://ankursinha.fedorapeople.org/neurofedora/package-status/latest/.
packages Python
| Logiciels | Résumé | pip (PyPi) | Notes |
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lien : airspeed |
Airspeed est un moteur de modèles puissant et facile à utiliser pour Python, conçu pour offrir une compatibilité élevée avec la bibliothèque Velocity, très populaire pour Java. |
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lien : autograd |
Calcule efficacement les dérivées du code NumPy. |
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lien : bokeh |
Graphiques interactifs et applications dans le navigateur depuis Python. |
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lien : duecredit |
Suivi des publications (et des dons). |
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lien : editdistance |
Implémentation rapide de la distance d’édition (distance de Levenshtein). |
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lien : formulaic |
Une implémentation des formules de Wilkinson. |
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Lien : genepy3d |
Bibliothèque Python pour la géométrie quantitative 3D en microscopie computationnelle. |
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Lien : hiveplotlib |
Visualisez des données de réseau avec des diagrammes Hive. |
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lien : hl7 |
Bibliothèque Python d’analyse des messages HL7 v2.x. |
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lien : ipympl |
Extension Jupyter pour Matplotlib. |
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lien : lazyarray |
Un package Python qui fournit une classe de tableau numérique à évaluation paresseuse, |
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Robust Hypothesis Testing of Location Parameters using Lq-Likelihood-Ratio-Type Test in Python. |
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lien : meshparty |
un service pour travailler avec des maillages. |
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lien : morph-tool |
Une collection d’interfaces en ligne de commande et de fonctions Python liées à la gestion de la morphologie. |
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lien : npyx |
Utilitaires pour charger, traiter et visualiser les données Neuropixels en Python. |
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lien : numba |
Compilation de code Python avec LLVM. |
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lien : optuna |
Un framework d’optimisation des hyperparamètres. |
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lien : papermill |
Paramétrez et exécutez des notebooks Jupyter et nteract. |
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Lien : plotly |
Une bibliothèque open source de visualisation de données interactive pour Python. |
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Son utilisation dans un notebook Jupyter nécessite |
lien : plotnine |
Une grammaire graphique pour Python. |
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lien : pydeps |
Afficher les dépendances du module. |
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lien : pyemd |
Interface Python pour l’implémentation de la distance de déplacement de terre (DDT) d’Ofir Pele et Michael Werman. |
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Projet amont non maintenu |
Frequent Item Set Mining and Association Rule Induction for Python. |
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lien : pylatex |
Une bibliothèque Python pour créer des fichiers et des extraits LaTeX. |
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Nécessite xref :latex.adoc[LaTeX] |
Convenient reader for Matlab mat files. |
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lien : pyomexmeta |
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Lien : pyplane |
Interface avec la puce de classe CoACH d’INI via PLANE (Platform for Learning About Neuromorphic Engineering), une plateforme basée sur Teensy. |
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Projet non maintenu en amont, ne s’installe pas |
Lien : pyxid2 |
Bibliothèque Python pour l’interface avec les appareils Cedrus XID, par exemple StimTracker, Riponda, RB-x40, c-pod et Lumina. |
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Nécessite les pilotes ftd : https://pypi.org/project/ftd2xx/ |
lien : ratinabox |
RatInABox : un package pour la simulation de la navigation spatiale et de la représentation spatiale des données neuronales dans des environnements 2D continus. |
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lien : read-roi |
Lire les fichiers ROI .zip ou .roi générés avec ImageJ. |
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Scikit-learn models hyperparameter tuning and feature selection using evolutionary algorithms. |
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Recherche utilisant des algorithmes inspirés de la nature sur des valeurs de paramètres spécifiées pour un estimateur sklearn. |
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Ne s’installe pas avec Py3.12+. Module 'numpy.distutils' introuvable. Module 'numpy.distutils' introuvable. |
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Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses. |
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Gestionnaires de références/bibliographies
Fedora n’intègre actuellement aucun de ces outils. Cependant, les développeurs fournissent des binaires précompilés et prêts à l’emploi.
Lien : JabRef |
Gestionnaire de bibliographies complet écrit en Java. |
Lien : Zotero |
Client Zotero. Vous pouvez également créer un compte sur le service web Zotero et l’utiliser pour synchroniser votre bibliographie entre différents ordinateurs. |
packages système
Les utilitaires généraux suivants sont inclus dans les dépôts :
| Logiciels | Installation | Remarques |
|---|---|---|
Lien : bioread |
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Utilitaires pour manipuler les fichiers du logiciel AcqKnowlege de BIOPAC |
Lien : BluePyOpt |
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Bibliothèque d’optimisation Python Blue Brain |
Lien : chaospy |
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Outil numérique pour la quantification de l’incertitude par polynômes. |
Lien : connection_pool |
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Pool de connexions thread-safe pour Python. |
Lien : datalad |
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Maîtrisez votre code, vos données et vos conteneurs avec Git et Git-Annex. |
Lien : datrie |
Trie ultra-rapide et efficacement stocké pour Python. |
Lien : devicely |
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Package Python pour la lecture, le décalage temporel et l’écriture de données de capteurs. |
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Portage C++ de earcut.js, une bibliothèque de triangulation polygonale rapide et composée uniquement d’en-têtes. |
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Bibliothèque C/C++ pour la lecture et l’écriture de fichiers EDF+ et BDF+. |
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Structure de répertoires standard pour les pipelines expérimentaux. |
Lien : https://src.fedoraproject.org/rpms/python-git-changelog [Journal des modifications Git] |
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Générateur automatique de journaux des modifications utilisant des modèles Jinja2. Conversion des journaux Git en journaux de modifications. |
Lien : https://src.fedoraproject.org/rpms/octave [GNU Octave] |
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GNU Octave : Langage de programmation scientifique. Logiciel libre et open source, compatible avec les scripts Matlab. |
Lien : https://src.fedoraproject.org/rpms/python-graph-tool [Outil graphique] |
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Module Python performant pour la manipulation et l’analyse statistique des graphes (ou réseaux). |
Lien : gsl-lite |
Version monofichier (en-tête uniquement) de la bibliothèque de support des directives ISO C (GSL) pour C98, C++11 et versions ultérieures. |
Lien : HighFive |
Interface moderne (en-tête uniquement) et conviviale pour C++11 pour libhdf5. |
Lien : inspyred |
Bibliothèque pour l’intelligence computationnelle bio-inspirée. |
Lien : interrogate |
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Analyse la couverture des docstrings d’un code source. |
Lien : JSONLab |
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Encodeur/décodeur JSON/UBJSON/MessagePack pour GNU Octave. |
Lien : llvmlite |
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Interface LLVM-Python légère pour l’écriture de compilateurs JIT. |
Lien : mapbox-earcut |
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Triangulation très rapide et robuste de polygones 2D. |
Lien : matplotlib-venn |
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Routines de tracé de diagrammes de Venn pour Python/Matplotlib. |
Lien : missingno |
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Module de visualisation des données manquantes pour Python. |
Lien : MorphIO |
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Bibliothèque Python et C++ pour la lecture et l’écriture de morphologies neuronales. |
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Boîte à outils Python pour l’analyse et le traitement des morphologies neuronales. |
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Inférence de fermeture RDF basée sur OWL-RL et RDFS pour Python. |
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Gestionnaire d’environnements virtuels écrit en Python pur. |
Lien : Pooch |
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Un outil pour récupérer vos fichiers de données. |
Lien : pre-commit |
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Un framework pour la gestion et la maintenance des hooks pre-commit multilingues. |
Lien : progressbar2 |
Python Science Stack
Le groupe de paquets python-science inclut des bibliothèques scientifiques Python couramment utilisées. Il peut être installé à l’aide de dnf :
sudo dnf install @python-scienceLes différents paquets peuvent également être installés indépendamment :
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Le module de traçage de graphiques Python. |
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Jupyter Notebook. |
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Le module fondamental pour le calcul matriciel avec Python. |
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Bibliothèque d’analyse de données Python. |
Lien : pillow |
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Bibliothèque d’imagerie Python. |
Lien : read-roi |
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Lecture des fichiers ROI .zip ou .roi générés avec ImageJ. |
Lien : scikit-image |
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Collection d’algorithmes pour le traitement d’images. |
Lien : scikit-learn |
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Apprentissage automatique en Python. |
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Bibliothèque Python pour le calcul scientifique. |
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Statistiques en Python. |
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Bibliothèque pour les mathématiques symboliques. |
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