La versione 3 di Cyrus ha modificato i valori predefiniti per due importanti opzioni di configurazione: unixhierarchysep`e `altnamespace. Potrebbe essere necessario aggiungerli con il loro precedente valore predefinito di `0`se non sono presenti nella configurazione esistente.

Cyrus versione 3 non supporta più il tipo di database berkeley. Se si dispone di database essenziali in quel formato, è importante convertirli in un formato diverso prima di aggiornare il sistema. Tuttavia, se l’aggiornamento è già stato eseguito, non bisogna preoccuparsi: la configurazione predefinita di Fedora utilizza questo formato solo per database non essenziali, che verranno ricostruiti seguendo la documentazione di aggiornamento sopra citata.