Utilizzo di MPI (Message Passing Interface) su Fedora

Laddove supportato, il software in NeuroFedora è compilato anche con il supporto per MPI. Fedora include le implementazioni di MPI MPICH e OpenMPI. Il software può essere utilizzato con una di queste implementazioni, oppure senza alcun supporto per MPI (se è disponibile una versione non compatibile con MPI).

Il software realizzato con MPI viene fornito come pacchetti separati per ogni implementazione di MPI:

<software>-mpich
<software>-openmpi

Questi pacchetti possono essere installati utilizzando DNF nello stesso modo dei pacchetti normali.

Anche i file binari forniti dal software, se presenti, avranno un suffisso che indicherà chiaramente quale implementazione di MPI è in uso:

<binary>_mpich
<binary>_mpi

Ad esempio, NEST viene fornito come:

nest-mpich
nest-openmpi

e i binari in questi sono denominati rispettivamente:

nest_mpich
nest_openmpi

Moduli dell’ambiente MPI

Per utilizzare una build MPI, è necessario caricare il link appropriato: modulo ambiente. Questi configurano correttamente i percorsi e le variabili d’ambiente. Per le build MPICH:

caricamento modulo mpi/mpich-$arch # $arch è l'architettura, ad esempio x86_64

Per le build OpenMPI:

caricamento del modulo mpi/openmpi-$arch # $arch è l'architettura, ad esempio x86_64

L’architettura può essere ottenuta utilizzando il comando uname in un terminale:

uname -m

In genere è più semplice aggiungere queste righe al file ~/.bashrc (per gli utenti bash) in modo che questi comandi vengano eseguiti automaticamente ad ogni accesso.

Ove necessario, l’utilizzo del software con MPI è documentato in una pagina separata.

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