Utilità
Pacchetti Upstream
I seguenti strumenti fanno parte dei software attualmente in fase di test su NeuroFedora e possono essere installati direttamente dai repository ufficiali (ad es. PyPi). È possibile consultare i risultati dei test [qui]:https://ankursinha.fedorapeople.org/neurofedora/package-status/latest/.
Pacchetti Python
| Software | Riepilogo | pip (PyPi) | Note |
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Airspeed è un motore di template per Python, potente e facile da usare, che mira a un’elevata compatibilità con la popolare libreria Velocity per Java. |
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Calcola in modo efficiente le derivate del codice NumPy. |
autograd |
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Interactive plots and applications in the browser from Python. |
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Publications (and donations) tracer. |
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Fast implementation of the edit distance (Levenshtein distance). |
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Un’implementazione delle formule di Wilkinson. |
formulaic |
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Python Library for 3D Quantitative Geometry in Computation Microscopy. |
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Visualizza i dati di rete con Hive Plots. |
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Python library parsing HL7 v2.x messages. |
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Matplotlib Jupyter Extension. |
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Un pacchetto Python che fornisce una classe di array numerici a valutazione differita, larray, basata sugli array NumPy e compatibile con essi. |
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Robust Hypothesis Testing of Location Parameters using Lq-Likelihood-Ratio-Type Test in Python. |
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Un’implementazione delle formule di Wilkinson. |
formulaic' |
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A collection of CLIs and python function related to morphology handling. |
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Utilities to load, process, and plot Neuropixels data in Python. |
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compiling Python code using LLVM. |
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Una Grammar of Graphics per Python |
plotnine |
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Parameterize and run Jupyter and nteract Notebooks. |
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An open-source interactive data visualization library for Python. |
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Use in a jupyter notebook requires |
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A Grammar of Graphics for Python. |
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Display module dependencies. |
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Un wrapper Python per l’implementazione della distanza di Earth Mover di Ofir Pele e Michael Werman. |
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Progetto upstream non più mantenuto |
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Frequent Item Set Mining and Association Rule Induction for Python. |
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Una libreria Python per la creazione di file e snippet LaTeX. |
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Richiede LaTeX |
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Convenient reader for Matlab mat files. |
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Interfaccia al chip di classe CoACH di INI tramite PLANE (Platform for Learning About Neuromorphic Engineering) basato su Teensy. |
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Non mantenuto a monte, non installa |
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Libreria Python per l’interfacciamento con dispositivi Cedrus XID, ad esempio StimTracker, Riponda, RB-x40, c-pod e Lumina. |
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Richiede i driver ftd: https://pypi.org/project/ftd2xx/ |
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RatInABox: A package for simulating spatial navigation and spatial representation neural data in continuous 2D environments. |
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Legge i file ROI in formato .zip o .roi generati con ImageJ. |
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Scikit-learn models hyperparameter tuning and feature selection using evolutionary algorithms. |
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Ricerca utilizzando algoritmi ispirati alla natura su valori di parametri specificati per uno stimatore sklearn. |
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Non si installa in Py3.12+. Nessun modulo denominato 'numpy.distutils'. Nessun modulo denominato 'numpy.distutils' |
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Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses. |
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Responsabili di riferimento/bibliografia
Attualmente Fedora non include nessuno di questi strumenti. Tuttavia, gli sviluppatori forniscono file binari precompilati pronti all’uso.
Gestore bibliografico completo scritto in Java. |
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Client Zotero. Puoi anche creare un account sul servizio web di Zotero e utilizzarlo per sincronizzare la tua bibliografia tra diverse macchine. |
Pacchetti di sistema
Le seguenti utility di carattere generale sono incluse nei repository:
| Software | Installazione | Note |
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Utilità per lavorare con i file del software AcqKnowledge di BIOPAC |
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Libreria di ottimizzazione Python Blue Brain |
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Strumento numerico per la quantificazione dell’incertezza tramite polinomi. |
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Pool di connessioni thread-safe per Python. |
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Mantieni codice, dati e container sotto controllo con git e git-annex. |
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Trie super veloce ed efficiente per Python. |
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Pacchetto Python per la lettura, la modifica temporale e la scrittura di dati provenienti da sensori. |
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Versione C++ di earcut.js, una libreria veloce per la triangolazione di poligoni, basata esclusivamente su file header. |
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Libreria C/C++ per la lettura e la scrittura di file EDF+ e BDF+. |
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Struttura di directory standard per pipeline sperimentali. |
Link:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-git-changelog [Registro delle modifiche di Git] |
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Un generatore automatico di changelog che utilizza template Jinja2. Dai log di Git ai changelog. |
Link:https://src.fedoraproject.org/rpms/octave [GNU Octave] |
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GNU Octave: linguaggio di programmazione scientifica. Software libero e open source, compatibile con gli script Matlab. |
Link:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-graph-tool [Strumento per grafici] |
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Un modulo Python efficiente per la manipolazione e l’analisi statistica di grafici (noti anche come reti). |
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Una versione in un singolo file header-only della libreria di supporto alle linee guida ISO C (GSL) per C98, C++11 e versioni successive. |
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Un’interfaccia moderna, in un singolo file header-only, compatibile con C++11 per libhdf5 |
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Libreria per l’intelligenza computazionale bio-ispirata. |
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Analizza una codebase per la copertura delle docstring. |
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Un codificatore/decodificatore JSON/UBJSON/MessagePack per GNU Octave. |
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Un binding LLVM-Python leggero per la scrittura di compilatori JIT. |
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Triangolazione molto veloce e robusta di poligoni 2D. |
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Routine per la creazione di diagrammi di Venn per Python/Matplotlib. |
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Modulo per la visualizzazione di dati mancanti per Python. |
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Una libreria Python e C++ per la lettura e la scrittura di morfologie neuronali. |
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Toolkit Python per l’analisi e l’elaborazione di morfologie neuronali. |
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OWL-RL e inferenza di chiusura RDF basata su RDFS per Python. |
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Gestore di ambienti virtuali scritto in puro Python. |
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Un amico per recuperare i tuoi file di dati. |
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Framework per la gestione e la manutenzione di hook pre-commit multilingue. |
Pila scientifica di Python
Il gruppo di pacchetti python-science include le librerie Python scientifiche di uso comune. Può essere installato usando dnf:
sudo dnf install @python-scienceI singoli pacchetti possono anche essere installati in modo indipendente:
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Pacchetto Python per la creazione di grafici. |
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Jupyter Notebook. |
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Pacchetto fondamentale per il calcolo con array in Python. |
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Libreria Python per l’analisi dei dati. |
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La libreria Python per l’elaborazione delle immagini. |
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Legge i file ROI .zip o .roi generati con ImageJ. |
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Raccolta di algoritmi per l’elaborazione delle immagini. |
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Apprendimento automatico in Python. |
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Libreria Python per il calcolo scientifico. |
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Statistica in Python. |
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Libreria per la matematica simbolica. |
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Uno strumento interattivo multifunzione per dati tabellari. |
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