ຊອບແວສຳລັບວິທະຍາສາດລະບົບປະສາດດ້ານການຄິດໄລ່

ແພັກເກດຈາກຕົ້ນທາງ

ເຄື່ອງມືຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນສ່ວນໜຶ່ງຂອງຊອບແວທີ່ໄດ້ຮັບການທົດສອບໃນ NeuroFedora ແລະ ສາມາດຕິດຕັ້ງໄດ້ໂດຍກົງຈາກແຫຼ່ງເກັບຊອບແວຕົ້ນທາງ (ເຊັ່ນ: PyPi). ທ່ານສາມາດເບິ່ງຜົນການທົດສອບໄດ້ ທີ່ນີ້.

ແພັກເກດ Python

ຊອບແວ ຄຳອະທິບາຍຫຍໍ້ pip (PyPi) ໝາຍເຫດ

ຊອບແວ	ຄຳອະທິບາຍຫຍໍ້	pip (PyPi)	ໝາຍເຫດ
bluepyopt	ຫ້ອງສະໝຸດການປັບຄ່າໃຫ້ເໝາະສົມດ້ວຍ Python ຂອງ Blue Brain (bluepyopt).	`bluepyopt`
brian2	ລະບົບຈຳລອງແບບກຳນົດດ້ວຍເວລາ (clock-driven) ສຳລັບເຄືອຂ່າຍປະສາດແບບ spiking.	`brian2`
lfpy	ໂມດູນສຳລັບການສ້າງແບບຈຳລອງທ່າແຮງໄຟຟ້າພາຍນອກຈຸລັງ (extracellular potentials) ຂອງແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດແບບຫຼາຍສ່ວນ (multicompartment) ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໃນ NEURON.	`lfpy`
libneuroml	ຫ້ອງສະໝຸດ Python ສຳລັບເຮັດວຽກກັບລາຍລະອຽດ NeuroML ຂອງແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດ.	`libneuroml`
nest-neat		`nest-neat`	ປະຈຸບັນຍັງບໍ່ສາມາດຕິດຕັ້ງໃນ Python 3.13 ໄດ້. https://github.com/nest/NEAT/issues/183
netpyne	ແພັກເກດ Python ເພື່ອພັດທະນາ, ຈຳລອງ ແລະ ວິເຄາະເຄືອຂ່າຍປະສາດທາງຊີວະວິທະຍາໃນ NEURON.	`netpyne`
neurom	NeuroM: ແພັກເກດວິເຄາະສັນຖານວິທະຍາ (morphology) ຂອງຈຸລັງປະສາດແບບນ້ຳໜັກເບົາ.	`neurom`
neuromllite	ຮູບແບບພື້ນຖານ JSON/YAML ທົ່ວໄປສຳລັບການກຳນົດລາຍລະອຽດເຄືອຂ່າຍແບບກະທັດຮັດ, ເຊື່ອມໂຍງຢ່າງໃກ້ຊິດກັບ NeuroML v2.	`neuromllite`
NEURON	ລະບົບຈຳລອງທີ່ອີງຕາມຫຼັກຖານຕົວຈິງ (empirically-based) ສຳລັບການສ້າງແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດ ແລະ ເຄືອຂ່າຍຂອງຈຸລັງປະສາດ.	`NEURON`
neurotune	ຫ້ອງສະໝຸດ Python ສຳລັບການປັບຄ່າແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດໃຫ້ເໝາະສົມ.	`neurotune`
pylems	ຫ້ອງສະໝຸດ Python ສຳລັບເຮັດວຽກກັບພາສາກຳນົດລາຍລະອຽດແບບຈຳລອງແບບເອັນໂທຣປີຕ່ຳ (LEMS).	`pylems`
pymoose	Python scripting interface of MOOSE Simulator (https://www.mooseneuro.org/).	`pymoose`
pyneuroml	ເຄື່ອງມືເສີມ Python ສຳລັບ NeuroML.	`pyneuroml`
pynn	ແພັກເກດ Python ສຳລັບການກຳນົດລາຍລະອຽດແບບຈຳລອງເຄືອຂ່າຍປະສາດທີ່ບໍ່ຂຶ້ນກັບລະບົບຈຳລອງໃດໜຶ່ງ.	`pynn`
sciunit	ໂຄງຮ່າງການເຮັດວຽກແບບທົດສອບກ່ອນ (test-driven framework) ສຳລັບການກວດສອບຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງແບບຈຳລອງທາງວິທະຍາສາດກັບຂໍ້ມູນຢ່າງເປັນທາງການ.	`sciunit`

bluepyopt

ຫ້ອງສະໝຸດການປັບຄ່າໃຫ້ເໝາະສົມດ້ວຍ Python ຂອງ Blue Brain (bluepyopt).

bluepyopt

brian2

ລະບົບຈຳລອງແບບກຳນົດດ້ວຍເວລາ (clock-driven) ສຳລັບເຄືອຂ່າຍປະສາດແບບ spiking.

brian2

lfpy

ໂມດູນສຳລັບການສ້າງແບບຈຳລອງທ່າແຮງໄຟຟ້າພາຍນອກຈຸລັງ (extracellular potentials) ຂອງແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດແບບຫຼາຍສ່ວນ (multicompartment) ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໃນ NEURON.

lfpy

libneuroml

ຫ້ອງສະໝຸດ Python ສຳລັບເຮັດວຽກກັບລາຍລະອຽດ NeuroML ຂອງແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດ.

libneuroml

nest-neat

nest-neat

ປະຈຸບັນຍັງບໍ່ສາມາດຕິດຕັ້ງໃນ Python 3.13 ໄດ້. https://github.com/nest/NEAT/issues/183

netpyne

ແພັກເກດ Python ເພື່ອພັດທະນາ, ຈຳລອງ ແລະ ວິເຄາະເຄືອຂ່າຍປະສາດທາງຊີວະວິທະຍາໃນ NEURON.

netpyne

neurom

NeuroM: ແພັກເກດວິເຄາະສັນຖານວິທະຍາ (morphology) ຂອງຈຸລັງປະສາດແບບນ້ຳໜັກເບົາ.

neurom

neuromllite

ຮູບແບບພື້ນຖານ JSON/YAML ທົ່ວໄປສຳລັບການກຳນົດລາຍລະອຽດເຄືອຂ່າຍແບບກະທັດຮັດ, ເຊື່ອມໂຍງຢ່າງໃກ້ຊິດກັບ NeuroML v2.

neuromllite

NEURON

ລະບົບຈຳລອງທີ່ອີງຕາມຫຼັກຖານຕົວຈິງ (empirically-based) ສຳລັບການສ້າງແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດ ແລະ ເຄືອຂ່າຍຂອງຈຸລັງປະສາດ.

NEURON

neurotune

ຫ້ອງສະໝຸດ Python ສຳລັບການປັບຄ່າແບບຈຳລອງຈຸລັງປະສາດໃຫ້ເໝາະສົມ.

neurotune

pylems

ຫ້ອງສະໝຸດ Python ສຳລັບເຮັດວຽກກັບພາສາກຳນົດລາຍລະອຽດແບບຈຳລອງແບບເອັນໂທຣປີຕ່ຳ (LEMS).

pylems

pymoose

Python scripting interface of MOOSE Simulator (https://www.mooseneuro.org/).

pymoose

pyneuroml

ເຄື່ອງມືເສີມ Python ສຳລັບ NeuroML.

pyneuroml

pynn

ແພັກເກດ Python ສຳລັບການກຳນົດລາຍລະອຽດແບບຈຳລອງເຄືອຂ່າຍປະສາດທີ່ບໍ່ຂຶ້ນກັບລະບົບຈຳລອງໃດໜຶ່ງ.

pynn

sciunit

ໂຄງຮ່າງການເຮັດວຽກແບບທົດສອບກ່ອນ (test-driven framework) ສຳລັບການກວດສອບຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງແບບຈຳລອງທາງວິທະຍາສາດກັບຂໍ້ມູນຢ່າງເປັນທາງການ.

sciunit

ແພັກເກດລະບົບ

ເຄື່ອງມືອຸປະໂພກທົ່ວໄປຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນມີລວມຢູ່ໃນຄັງຊອບແວ (repositories):

ຊອບແວ ຕິດຕັ້ງດ້ວຍ ໝາຍເຫດ

ຊອບແວ	ຕິດຕັ້ງດ້ວຍ	ໝາຍເຫດ
arbor	`sudo dnf install arbor`	ໄລບຣາຣີປະສິດທິພາບສູງ ສຳລັບການຈໍາລອງທາງດ້ານລະບົບປະສາດວິທະຍາດ້ວຍຄອມພິວເຕີ (Computational Neuroscience)
auryn	`sudo dnf install auryn`	ແພັກເກັດສຳລັບຈໍາລອງເຄືອຂ່າຍປະສາດແບບ Spiking ທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳ (Recurrent Spiking Neural Networks) ດ້ວຍກົນໄກການປັບຕົວຕາມເວລາຂອງສັນຍານປະສາດ (STDP)
libneurosim	`sudo dnf install libneurosim`	ອິນເຕີເຟສມາດຕະຖານ ສຳລັບໂປຣແກຣມຈໍາລອງລະບົບປະສາດ
libsbml	`sudo dnf install libsbml`	ໄລບຣາຣີສຳລັບພາສາ Markup ທາງດ້ານຊີວະວິທະຍາລະບົບ (Systems Biology Markup Language)
libsonata	`sudo dnf install libsonata python3-libsonata`	ອິນເຕີເຟສ Python ແລະ C++ ສຳລັບຮູບແບບຂໍ້ມູນ SONATA
moose	`sudo dnf install moose python3-moose`	ໂປຣແກຣມຈໍາລອງລະບົບປະສາດວິທະຍາ ແລະ ຊີວະວິທະຍາລະບົບ ແບບຫຼາຍລະດັບ (Multiscale)
nest	`sudo dnf install nest python3-nest`	ໂປຣແກຣມຈໍາລອງ NEST

arbor

sudo dnf install arbor

ໄລບຣາຣີປະສິດທິພາບສູງ ສຳລັບການຈໍາລອງທາງດ້ານລະບົບປະສາດວິທະຍາດ້ວຍຄອມພິວເຕີ (Computational Neuroscience)

auryn

sudo dnf install auryn

ແພັກເກັດສຳລັບຈໍາລອງເຄືອຂ່າຍປະສາດແບບ Spiking ທີ່ເກີດຂຶ້ນຊ້ຳ (Recurrent Spiking Neural Networks) ດ້ວຍກົນໄກການປັບຕົວຕາມເວລາຂອງສັນຍານປະສາດ (STDP)

libneurosim

sudo dnf install libneurosim

ອິນເຕີເຟສມາດຕະຖານ ສຳລັບໂປຣແກຣມຈໍາລອງລະບົບປະສາດ

libsbml

sudo dnf install libsbml

ໄລບຣາຣີສຳລັບພາສາ Markup ທາງດ້ານຊີວະວິທະຍາລະບົບ (Systems Biology Markup Language)