Software para análise de dados
Pacotes upstream
As seguintes ferramentas estão entre os softwares atualmente testados no NeuroFedora e podem ser instaladas diretamente de repositórios oficiais (por exemplo, PyPi). Você pode ver os resultados dos testes aqui.
Pacotes python
| Software | Resumo | pip (PyPi) | Notas |
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Bibliotecas principais do allensdk. |
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Análise e visualização de dados usando estimativa acoplada por bootstrap. |
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Cliente de linha de comando para interação com instâncias do DANDI. |
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eFEL: electrophysiology feature extraction library. |
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Elephant (Electrophysiology Analysis Toolkit) é uma biblioteca de código aberto para análise de dados eletrofisiológicos no Python. |
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Utilitários para ler/escrever tipos Python em/de arquivos HDF5, incluindo arquivos MAT do MATLAB v7.3. |
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SDK Python para interagir com dados de neurociência através da API Boss. |
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Detecção de picos e agrupamento automático para classificação de picos. |
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Projeto upstream sem manutenção |
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Um framework minimalista para mineração de regras de associação numérica |
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Pingouin: pacote estatístico para Python. |
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Pacote Python para gerenciar o layout, a geometria e a fiação da sonda ao dispositivo. |
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Interface de script Python do Simulador MOOSE (https://moose.ncbs.res.in). |
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pybv - um utilitário de E/S leve para o formato de dados BrainVision. |
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22 Recursos Canônicos de Séries Temporais. |
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Uma estrutura orientada a testes para validar formalmente modelos científicos com base em dados. |
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Uma biblioteca Python para análise de dados eletrofisiológicos. |
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Package for working with Neurodata stored in the NWB format. |
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No wheels for py3.14+. https://github.com/NeurodataWithoutBorders/pynwb/issues/2143 |
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Aprendizado de máquina para dados multivariados com geometria Riemanniana. |
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Biblioteca para análise de pares de dados de séries temporais. |
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Conjunto de ferramentas unificado para análise de redes complexas e recorrência. |
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Pacote Python para importar arquivos XDF (Extensible Data Format). |
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Ferramentas para análise de sensibilidade global. Inclui os métodos Sobol', Morris, FAST, DGSM, PAWN, HDMR, independente de momentos e fatorial fracionário. |
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Pacotes do sistema
Os repositórios incluem os seguintes:
| Software | Instalar com | Notas |
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Um pacote Python para análise de arquivos de dados AMPL/GMPL. |
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Fornece a infraestrutura para representar, manipular e analisar padrões e dados de transação. |
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Uma ferramenta totalmente automatizada e de alta qualidade para geração de malhas tetraédricas cerebrais. |
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Implementações em Python de algoritmos de bandit contextual. |
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Interface Cython para o otimizador de ponto interior IPOPT. |
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Uma implementação rápida da distância de edição (distância de Levenshtein) em Python. |
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Aplicativo desenvolvido para rastrear múltiplos objetos em gravações de vídeo. |
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Biblioteca de identificação de arquivo para Python. |
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Um conjunto de ferramentas para geração e análise de malhas 3D baseado em imagens médicas. |
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Uma ferramenta de simulação de transporte de fótons em 3D baseada no método de Monte Carlo. |
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Pacote Python para manipulação e estimulação de matrizes de multieletrodos (MEA). |
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Um simulador de transporte de fótons Monte Carlo baseado em malha 3D. |
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Análise de dados de magnetoencefalografia (MEG) e eletroencefalografia (EEG). |
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Uma biblioteca para o cálculo de equilíbrios de Nash em jogos de dois jogadores. |
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Um pacote Python para analisar e simular séries temporais neurais, utilizando processamento digital de sinais. |
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Síntese em larga escala de dados de neuroimagem funcional. |
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AutoML no Python. |
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Framework para resolver tarefas de classificação usando algoritmos inspirados na natureza. |
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Um pacote Python para resolver problemas de otimização. |
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Análise de séries temporais para dados de neurociência. |
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Formato de arquivo para armazenar metadados de forma organizada. |
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Um pacote em C++ para resolver os problemas diretos de eletroencefalografia (EEG) e magnetoencefalografia (MEG). |
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Um pacote Python para trabalhar com arquivos NWB. |
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Uma biblioteca Python para análise numérica da similaridade de trens de picos. |
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PySwarms é um conjunto de ferramentas de pesquisa extensível para otimização por enxame de partículas (PSO) em Python. |
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Biblioteca de análise de sensibilidade. |
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Interface gráfica do usuário (GUI) para geração de dados híbridos de picos de referência. |
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Utilitários para streaming de arquivos grandes (S3, HDFS, gzip, bz2 e outros). |
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Uma solução rápida e escalável para a triagem de picos em gravações extracelulares de grande escala. |
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Importa, exporta, processa, analisa e visualiza malhas triangulares. |
O software que está na fila para inclusão está listado aqui.
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