Software para neuroimagem
Pacotes upstream
As seguintes ferramentas estão entre os softwares atualmente testados no NeuroFedora e podem ser instaladas diretamente de repositórios oficiais (por exemplo, PyPi). Você pode ver os resultados dos testes aqui.
Pacotes python
| Software | Resumo | pip (PyPi) | Notas |
|---|---|---|---|
Ressonância Magnética de Difusão em Python. |
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Projeto MNE-Python para análise de dados MEG e EEG. |
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MNE-BIDS: Organização de dados MEG, EEG e iEEG de acordo com a especificação BIDS e facilitação de sua análise com MNE-Python. |
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Aprendizado estatístico para neuroimagem em Python. |
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Um pacote Python para análise de dados de neuroimagem. |
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Neuroimagem em Python: Pipelines e Interfaces. |
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bids: interface com conjuntos de dados em conformidade com o BIDS. |
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Navegador de repositório wxPython XNAT. |
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Não constrói pelo PyPi |
Pacotes do sistema
Os repositórios incluem os seguintes:
| Software | Instalar com | Notas |
|---|---|---|
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Um visualizador de arquivos DICOM. |
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Um anonimizador multithread para arquivos DICOM que implementa a maior parte do Anexo E do DICOM PS 3.15. |
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Utilitários de ressonância magnética de difusão em Python. |
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Uma biblioteca Python baseada em pyqtgraph para criar visualizadores personalizados de sinais eletrofisiológicos, vídeos, eventos, épocas, trens de picos, tabelas de dados e representações tempo-frequência de sinais. |
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FSLeyes, o visualizador de imagens do FSL. |
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Implementação de E/S de referência para GIFTI |
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Biblioteca Python para trabalhar com GIFTI. |
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Um leitor rápido de NIfTI-1/2 e conversor de NIfTI para JNIfTI |
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Módulo Python para aprendizado estatístico rápido e fácil em dados de neuroimagem. |
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Modelagem e análise estatística de dados de fMRI em Python. |
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dicom: entrada/saída de arquivos para imagens médicas e outros dados. |
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Interface com conjuntos de dados compatíveis com BIDS. |
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Decodifica e codifica fluxos de dados Petlink (32 e 64 bits). |
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Uma implementação em Python do protocolo de rede DICOM. |
O software que está na fila para inclusão está listado no link: https://pagure.io/neuro-sig/NeuroFedora/issues?tags=F%3A+Neuroimaging [aqui].
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