Utilizando MPI (Interface de Passagem de Mensagens) no Fedora

Onde houver suporte, o software no NeuroFedora também é compilado com suporte a MPI. O Fedora inclui implementações de MPI em MPICH e OpenMPI. O software pode ser usado com qualquer uma delas ou sem suporte a MPI (se uma versão sem MPI estiver disponível).

O software desenvolvido com MPI é fornecido como pacotes separados para cada implementação de MPI:

<software>-mpich
<software>-openmpi

Esses pacotes podem ser instalados usando o DNF da mesma forma que os pacotes normais. Pacotes {texlive} usando um dos esquemas fornecidos:

Os binários fornecidos pelo software, se houver, também receberão um sufixo para indicar claramente qual implementação do MPI está em uso:

<binary>_mpich
<binary>_mpi

Por exemplo, o NEST é fornecido como:

ninho-mpich
ninho-openmpi

e os binários neles contidos são nomeados respectivamente:

ninho_mpich
ninho_openmpi

Módulos do ambiente MPI

Para usar uma compilação MPI, o link apropriado: módulo de ambiente deve ser carregado. Isso configura corretamente os caminhos e as variáveis de ambiente. Para compilações MPICH:

module load mpi/mpich-$arch # $arch é a arquitetura, por exemplo x86_64

Para compilações OpenMPI:

module load mpi/openmpi-$arch # $arch é a arquitetura, por exemplo x86_64

A arquitetura pode ser obtida usando o comando uname em um terminal:

entre eles -m

Geralmente é mais fácil adicionar essas linhas ao arquivo ~/.bashrc (para usuários do bash) para que esses comandos sejam executados automaticamente a cada login.

Quando necessário, o uso de software com MPI é documentado em uma página separada.

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