Utilitários
Pacotes upstream
As seguintes ferramentas estão entre os softwares atualmente testados no NeuroFedora e podem ser instaladas diretamente de repositórios oficiais (por exemplo, PyPi). Você pode ver os resultados dos testes aqui.
Pacotes python
| Software | Resumo | pip (PyPi) | Notas |
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Airspeed é um mecanismo de templates poderoso e fácil de usar para Python, que busca um alto nível de compatibilidade com a popular biblioteca Velocity para Java. |
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Calcula derivadas de código NumPy de forma eficiente. |
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Gráficos e aplicações interativas no navegador a partir do Python. |
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Rastreador de publicações (e doações). |
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Implementação rápida da distância de edição (distância de Levenshtein). |
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lien : formulaic |
Une implémentation des formules de Wilkinson. |
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Biblioteca Python para Geometria Quantitativa 3D em Microscopia Computacional. |
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Visualize dados de rede com gráficos Hive. |
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Biblioteca Python para análise de mensagens HL7 v2.x. |
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Extensão Jupyter do Matplotlib. |
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Um pacote Python que fornece uma classe de matriz numérica avaliada preguiçosamente, larray, baseada em matrizes NumPy e compatível com elas. |
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Teste robusto de hipóteses de parâmetros de localização usando o teste do tipo razão de verossimilhança Lq em Python. |
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um serviço para trabalhar com malhas. |
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22 Recursos Canônicos de Séries Temporais. |
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Utilitários para carregar, processar e plotar dados do Neuropixels em Python. |
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compilando código Python usando LLVM. |
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Uma estrutura de otimização de hiperparâmetros. |
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Parametrize e execute notebooks Jupyter e nteract. |
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Uma biblioteca de visualização de dados interativa de código aberto para Python. |
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O uso em um notebook Jupyter requer |
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Uma gramática de gráficos para Python. |
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Exibir dependências de módulos. |
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Um wrapper em Python para a implementação da Distância de Movimento da Terra de Ofir Pele e Michael Werman. |
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Sem manutenção no projeto original |
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Mineração de Conjuntos de Itens Frequentes e Indução de Regras de Associação para Python. |
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Uma biblioteca Python para criar arquivos e trechos de LaTeX. |
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Requer LaTeX |
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Leitor conveniente para arquivos mat do Matlab. |
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Interface para o chip de classe CoACH da INI via PLANE (Platform for Learning About Neuromorphic Engineering) baseado em Teensy. |
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Sem manutenção no repositório principal, não instala |
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Biblioteca Python para interface com dispositivos Cedrus XID, como StimTracker, Riponda, RB-x40, c-pod e Lumina. |
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Requer drivers ftd: https://pypi.org/project/ftd2xx/ |
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RatInABox: Um pacote para simular navegação espacial e representação espacial de dados neurais em ambientes 2D contínuos. |
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Lê arquivos ROI .zip ou .roi gerados com o ImageJ. |
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Scikit-learn models hyperparameter tuning and feature selection using evolutionary algorithms. |
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Busca usando algoritmos inspirados na natureza sobre valores de parâmetros especificados para um estimador do sklearn. |
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Não instala no Python 3.12 ou superior. Nenhum módulo chamado 'numpy.distutils'. Nenhum módulo chamado 'numpy.distutils' |
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Workflow management system to create reproducible and scalable data analyses. |
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Gerenciadores de bibliografia/referências
O Fedora não inclui atualmente nenhuma dessas ferramentas. No entanto, os desenvolvedores fornecem binários pré-compilados prontos para uso.
Gerenciador de bibliografia completo, escrito em Java. |
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Cliente Zotero. Você também pode criar uma conta no serviço web do Zotero e usá-la para sincronizar sua bibliografia entre diferentes dispositivos. |
Pacotes do sistema
Os seguintes utilitários de uso geral estão incluídos nos repositórios:
| Software | Instalar com | Notas |
|---|---|---|
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Utilitários para trabalhar com arquivos do software AcqKnowlege da BIOPAC. |
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Biblioteca de otimização Blue Brain para Python. |
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Ferramenta numérica para realizar a quantificação da incerteza usando polinômios. |
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Pool de conexões seguradas para threads para Python. |
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Mantenha o código, os dados e os contêineres sob controle com git e git-annex. |
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Trie super-rápida e com armazenamento eficiente para Python. |
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Pacote Python para leitura, deslocamento temporal e gravação de dados de sensores. |
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Versão em C++ do earcut.js, uma biblioteca de triangulação de polígonos rápida e que utiliza apenas arquivos de cabeçalho. |
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Biblioteca C/C++ para leitura/gravação de arquivos EDF+ e BDF+. |
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Estrutura de diretórios padrão para pipelines experimentais. |
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Um gerador automático de Changelog usando templates Jinja2. De logs do Git a registros de alterações. |
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GNU Octave: Linguagem de programação científica. Software livre e de código aberto (FOSS), compatível com scripts do Matlab. |
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Um módulo Python eficiente para manipulação e análise estatística de grafos (também conhecidos como redes). |
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Uma versão de arquivo único contendo apenas o cabeçalho da Biblioteca de Suporte às Diretrizes (GSL) ISO C++ para C++98, C++11 e versões posteriores. |
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Uma interface moderna, somente de cabeçalho e amigável ao C++11, para libhdf5 |
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Biblioteca para inteligência computacional bioinspirada. |
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Analise a cobertura de docstrings em uma base de código. |
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Um codificador/decodificador JSON/UBJSON/MessagePack para GNU Octave. |
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Uma interface leve LLVM-Python para escrever compiladores JIT. |
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Triangulação de polígonos 2D muito rápida e bastante robusta. |
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Rotinas para plotagem de diagramas de Venn em Python/Matplotlib. |
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Falta um módulo de visualização de dados para Python. |
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Uma biblioteca em Python e C++ para leitura e escrita de morfologias neuronais. |
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Conjunto de ferramentas em Python para análise e processamento de morfologias neuronais. |
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Inferência de RDF Closure baseada em OWL-RL e RDFS para Python. |
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Gerenciador de ambiente virtual escrito em Python puro. |
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Um amigo para buscar seus arquivos de dados. |
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Framework para gerenciar e manter hooks de pré-commit multilíngues. |
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Uma biblioteca Progressbar para fornecer acompanhamento visual de operações de longa duração. |
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Uma API de progamação linear. |
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Biblioteca Python para leitura/gravação de arquivos EDF+/BDF+, baseada em EDFlib. |
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Caixa de ferramentas de exploração de parâmetros. |
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Análise do plano de fase de sistemas não lineares |
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Módulo Python que implementa limitação de taxa de transferência. |
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Extensão rdflib para Python que adiciona analisador e serializador JSON-LD. |
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Algoritmos inspirados na natureza para ajuste de hiperparâmetros de modelos Scikit-Learn. |
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Sistema de gerenciamento de fluxo de trabalho para criar análises de dados reproduzíveis e escaláveis. |
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Um ambiente científico poderoso, escrito em Python, para Python e projetado por e para cientistas, engenheiros e analistas de dados. |
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Decoradores e gerenciadores de contexto de controle de tempo limite. |
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Implementa um algoritmo de ordenação topológica. |
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Visualizando dados categóricos. |
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wxnatpy é um widget wxPython que permite aos usuários navegar pelo conteúdo de um repositório XNAT. |
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Um novo cliente XNAT que expõe objetos/funções XNAT como objetos/funções Python. |
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Um conjunto de ferramentas portátil para compressão/descompressão de dados para GNU Octave. |
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Uma biblioteca portátil com interfaces de compressão/descompressão de dados fáceis de usar. |
Pilha de ciência Python
O grupo de pacotes python-science inclui bibliotecas Python científicas de uso comum. Ele pode ser instalado usando o dnf:
sudo dnf install @python-scienceOs pacotes individuais também podem ser instalados independentemente:
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O pacote de plotagem do Python. |
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Jupyter Notebook. |
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Pacote fundamental para computação com arrays em Python. |
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Biblioteca de análise de dados em Python. |
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A biblioteca de imagens do Python. |
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Lê arquivos ROI .zip ou .roi gerados com o ImageJ. |
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Coleção de algoritmos para processamento de imagens. |
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Aprendizado de máquina em Python. |
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Biblioteca Python para computação científica. |
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Estatística em Python. |
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Biblioteca para matemática simbólica. |
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Uma ferramenta multifuncional interativa para dados tabulares. |
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