Software per l’analisi dei dati
Pacchetti Upstream
I seguenti strumenti fanno parte dei software attualmente in fase di test su NeuroFedora e possono essere installati direttamente dai repository ufficiali (ad es. PyPi). È possibile consultare i risultati dei test [qui]:https://ankursinha.fedorapeople.org/neurofedora/package-status/latest/.
Pacchetti Python
| Software | Riepilogo | pip (PyPi) | Note |
|---|---|---|---|
Libreria Python per l’importazione di file xdp (Extensible Data Format) |
pyxdf |
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Analisi e visualizzazione dei dati tramite stima accoppiata bootstrap. |
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Client da riga di comando per interagire con le istanze di DANDI. |
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eFEL: electrophysiology feature extraction library. |
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Elephant (Electrophysiology Analysis Toolkit) is an open-source library for the analysis of electrophysiological data in Python. |
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Utilità per leggere/scrivere tipi Python da/in file HDF5, inclusi i file MAT di MATLAB v7.3. |
hdf5s |
torage |
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SDK Python per interagire con dati di neuroscienze tramite la Boss API. |
intern |
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Spike detection and automatic clustering for spike sorting. |
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Unmaintained upstream |
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A minimalistic framework for numerical association rule mining. |
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Pingouin: statistical package for Python. |
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Pacchetto Python per gestire il layout, la geometria e il cablaggio delle sonde ai dispositivi. |
probeinterface |
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Python library for reading files in Axon Binary Format (ABF). |
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pybv - un’utilità I/O leggera per il formato dati BrainVision. |
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22 CAnonical Time-series Features. |
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library to read/write EDF+/BDF+ files. |
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A Python library for analysis of electrophysiological data. |
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Package for working with Neurodata stored in the NWB format. |
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No wheels for py3.14+. https://github.com/NeurodataWithoutBorders/pynwb/issues/2143 |
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Libreria Python per leggere file in formato Axon Binary Format (abf) |
pyabf |
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Libreria per l’analisi a coppie di dati di serie temporali. |
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sdk Python per interagire con dati di neuroscienze tramite la Boss api. |
intern |
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Python package for importing XDF (Extensible Data Format) files. |
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Tools for global sensitivity analysis. Contains Sobol', Morris, FAST, DGSM, PAWN, HDMR, Moment Independent and fractional factorial methods. |
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Pacchetti di sistema
I repository contengono quanto segue:
| Software | Installazione con | Note |
|---|---|---|
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Un pacchetto Python per l’analisi di file di dati AMPL/GMPL. |
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Fornisce l’infrastruttura per rappresentare, manipolare e analizzare dati e modelli di transazione. |
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Un toolbox completamente automatizzato per la generazione di mesh tetraedriche cerebrali di alta qualità. |
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Implementazioni Python degli algoritmi contextual bandits. |
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Interfaccia Cython per l’ottimizzatore di punti interni IPOPT. |
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Un’implementazione veloce della distanza di Levenshtein (distanza di Levenshtein) in Python. |
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Applicazione progettata per tracciare più oggetti in una registrazione video. |
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Libreria per l’identificazione di file per Python. |
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Un toolkit per la generazione e l’analisi di mesh 3D basate su immagini mediche. |
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Un toolbox per la simulazione del trasporto di fotoni Monte Carlo 3D. |
Link:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-meautility[MEAUtility] |
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Pacchetto Python per la gestione e la stimolazione di array di multielettrodi (MEA). |
Link:https://src.fedoraproject.org/rpms/mmc[mmc] |
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Simulatore di trasporto fotonico Monte Carlo basato su mesh 3D. |
Link:https://src.fedoraproject.org/rpms/python-mne[mne] |
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Analisi di dati di magnetoencefalografia (MEG) ed elettroencefalografia (EEG). |
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Una libreria per il calcolo degli equilibri di Nash nei giochi a due giocatori. |
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Un pacchetto Python per analizzare e simulare serie temporali neurali, utilizzando l’elaborazione digitale del segnale. |
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Sintesi su larga scala di dati di neuroimmagine funzionale. |
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AutoML in Python. |
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Framework per la risoluzione di problemi di classificazione utilizzando algoritmi ispirati alla natura. |
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Un pacchetto Python per la risoluzione di problemi di ottimizzazione. |
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Analisi di serie temporali per dati neuroscientifici. |
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Formato file per memorizzare i metadati in modo organizzato. |
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Pacchetto C++ per la risoluzione dei problemi diretti dell’elettroencefalografia (EEG) e della magnetoencefalografia (MEG). |
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Pacchetto Python per lavorare con i file NWB. |
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Libreria Python per l’analisi numerica della similarità dei treni di impulsi |
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PySwarms è un toolkit di ricerca estensibile per l’ottimizzazione dello sciame di particelle (PSO) in Python. |
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Libreria per l’analisi di sensibilità. |
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Interfaccia grafica per la generazione di dati ibridi di spiking ground-truth. |
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Utilità per lo streaming di file di grandi dimensioni (S3, HDFS, gzip, bz2 e altro). |
Il software in coda per l’inclusione è elencato al link: qui.
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